Органами управління територіями пріоритетного розвитку та СЕЗ "Порт Крим" є:
Рада з питань територій пріоритетного розвитку та спеціальної економічної зони "Порт Крим" (далі - Рада);
органи місцевого самоврядування та місцеві державні адміністрації;
орган господарського розвитку СЕЗ "Порт Крим".