Митний контроль за переміщенням товарів та інших предметів через межі спеціальної економічної зони повинен забезпечувати дотримання державними органами, підприємствами, установами, організаціями та їх посадовими особами, а також громадянами порядку переміщення товарів та інших предметів відповідно до законодавства, що діє при перетинанні митного кордону України, з урахуванням пільг, визначених цим Указом.
Для запобігання несанкціонованому і неконтрольованому проникненню на територію спеціальної митної зони або за її межі фізичних осіб, транспортних засобів, а також ввезенню і вивезенню товарів та інших предметів територія спеціальної митної зони повинна бути огороджена по периметру і облаштована відповідно до вимог Державної митної служби України.
Території зон митного контролю для спеціальної економічної зони, їх межі та режим переміщення товарів, транспортних засобів, громадян встановлюються Державною митною службою України.
У спеціальній економічній зоні митні збори справляються відповідно до законодавства України.
Організація робіт з облаштування митної інфраструктури та огородження спеціальної митної зони і фінансування відповідних робіт здійснюються органом господарського розвитку.
Режим спеціальної митної зони запроваджується з дня затвердження Державною митною службою України акта здавання - приймання в експлуатацію об'єктів митної інфраструктури.