Органами управління СЕЗ "Курортополіс Трускавець" є:
Трускавецька міська рада та її виконавчий комітет у межах своїх повноважень;
орган господарського розвитку та управління СЕЗ "Курортополіс Трускавець", утворений Трускавецькою міською радою за участю суб'єктів підприємницької діяльності, які діють на території СЕЗ "Курортополіс Трускавець".