Органами управління СЕЗ є:
Одеська облдержадміністрація (далі - облдержадміністрація);
Ренійська райдержадміністрація (далі - райдержадміністрація);
Ренійська міська рада та її виконавчий комітет у межах своїх повноважень;
орган господарського розвитку і управління СЕЗ (далі - орган господарського розвитку).