Рада може відмовити у схваленні інвестиційного проекту у разі, коли:
є негативні висновки щодо доцільності реалізації інвестиційного проекту;
у поданих документах виявлено недостовірні відомості;
суб'єкт підприємницької діяльності (інвестор) має заборгованість із сплати податків, зборів, обов'язкових платежів перед бюджетами.
Відмова у схваленні інвестиційного проекту з обгрунтуванням причин надсилається Радою заявникові у письмовій формі у дводенний строк після прийняття рішення.