До повноважень адміністрації СЕЗ належить:
розроблення та забезпечення реалізації стратегічних і поточних програм розвитку СЕЗ, затвердження в установленому порядку генерального плану її території;
розгляд пропозицій суб'єктів підприємницької діяльності (інвесторів) щодо реалізації інвестиційних проектів на території СЕЗ та надання Раді висновку з цього питання;
укладення договорів (контрактів) із суб'єктами підприємницької діяльності (інвесторами) про реалізацію інвестиційних проектів, схвалених Радою;
реєстрація у порядку, визначеному Радою, суб'єктів СЕЗ та інвестицій, здійснюваних у цій зоні;
укладення із суб'єктами СЕЗ у межах повноважень, наданих їй Ковельською районною та міською радами, договорів оренди земельних ділянок та об'єктів інфраструктури, розміщених на території СЕЗ;
забезпечення у межах своїх повноважень контролю за інвестуванням суб'єктами СЕЗ, дотриманням ними умов договору (контракту) про реалізацію інвестиційного проекту;
будівництво об'єктів виробничої та невиробничої інфраструктури на території СЕЗ;
укладення договорів на виконання підрядних робіт, пов'язаних з облаштуванням території СЕЗ, будівництвом об'єктів виробничої та невиробничої інфраструктури, розвитком мережі комунікаційних зв'язків;
укладення договорів на експлуатацію об'єктів інфраструктури, розміщених на території СЕЗ;
організація підготовки та перепідготовки кадрів;
забезпечення дотримання у разі встановлення Кабінетом Міністрів України спеціального порядку в'їзду до СЕЗ і виїзду з неї громадян України, іноземців та осіб без громадянства, ввезення на територію цієї зони та вивезення з неї транспортних засобів та вантажів;
здійснення разом з відповідними органами державної влади заходів щодо забезпечення законності та правопорядку, економічної та екологічної безпеки на території СЕЗ.