Органами управління СЕЗ є:
Рада з питань розвитку спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" (далі - Рада);
відповідні органи місцевого самоврядування та місцеві державні адміністрації;
орган господарського розвитку СЕЗ (далі - адміністрація СЕЗ).