Адміністрацією спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" є юридична особа, уповноважена або спеціально створена Волинською обласною державною адміністрацією відповідно до законодавства України.
До повноважень адміністрації спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" належить:
розроблення та забезпечення реалізації стратегічних та поточних програм розвитку спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель", затвердження в установленому порядку генерального плану території зазначеної зони;
розгляд пропозицій суб'єктів підприємницької діяльності (інвесторів) щодо реалізації інвестиційних проектів на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" та надання Раді висновку з цього питання;
укладення договорів (контрактів) із суб'єктами підприємницької діяльності (інвесторами) про реалізацію інвестиційних проектів, схвалених Радою;
реєстрація у порядку, визначеному Радою, суб'єктів спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" та інвестицій, здійснюваних у цій зоні;
укладення з суб'єктами спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" у межах повноважень, наданих їй органами місцевого самоврядування, договорів оренди земельних ділянок та об'єктів інфраструктури, розміщених на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель";
забезпечення у межах своїх повноважень згідно з цим Указом контролю за інвестуванням суб'єктами спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель";
будівництво об'єктів виробничої та невиробничої інфраструктури на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель";
укладення договорів на виконання підрядних робіт, пов'язаних з облаштуванням території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель", будівництвом об'єктів виробничої та невиробничої інфраструктури, розвитком мережі комунікаційних зв'язків;
укладення договорів на експлуатацію об'єктів інфраструктури, розміщених на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель":
організація підготовки та перепідготовки кадрів;
забезпечення дотримання в разі встановлення Кабінетом Міністрів України спеціального порядку в'їзду до спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" і виїзду з неї громадян України, іноземців та осіб без громадянства, ввезення на територію цієї зони та вивезення з неї транспортних засобів та вантажів;
здійснення разом з відповідними органами державної влади заходів щодо забезпечення законності і правопорядку, економічної та екологічної безпеки на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель".
Контроль за діяльністю адміністрації спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" здійснюють Рада та Волинська обласна державна адміністрація.