Органи місцевого самоврядування, органи виконавчої та судової влади здійснюють свої повноваження на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" відповідно до законодавства України з урахуванням особливостей, передбачених цим Указом.
Крім того, до повноважень відповідних органів місцевого самоврядування належить укладення з адміністрацією спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" угод про передачу в її користування земельних ділянок, об'єктів інфраструктури, розташованих на відповідній території, та природних ресурсів місцевого значення.