Органами управління спеціальною економічною зоною "Інтерпорт Ковель" є:
Рада з питань розвитку спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель";
органи місцевого самоврядування та місцеві державні адміністрації у межах своїх повноважень;
орган господарського розвитку спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" (далі - адміністрація спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель").