У спеціальній економічній зоні "Інтерпорт Ковель" встановлюється спеціальний пільговий режим оподаткування, відповідно до якого:
1) прибуток платників податку на прибуток - суб'єктів цієї спеціальної економічної зони з джерелом походження з території цієї зони оподатковується за ставкою 20 відсотків об'єкта оподаткування.
Це положення не поширюється на частину прибутку, одержаного від здійснення інвестицій за рахунок бюджетних коштів усіх рівнів та коштів Державного інноваційного фонду;
2) доходи, одержані нерезидентами від здійснення господарської діяльності з джерелом походження з території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель", оподатковуються у розмірі 2/3 від кожної ставки оподаткування, визначеної статтею 13 Закону України "Про оподаткування прибутку підприємств" ( 334/94-ВР ). Ця норма не поширюється на доходи від здійснення інвестицій у цінні папери, випущені за рішенням уповноваженого державного органу чи органу місцевого самоврядування, та доходи, визначені пунктом 13.6 статті 13 Закону України "Про оподаткування прибутку підприємств";
3) суб'єкти спеціальної економічної зони на визначений інвестиційним проектом період освоєння земельної ділянки, а саме: планування території, виконання робіт, пов'язаних з будівництвом об'єктів інфраструктури спеціальної економічної зони, але не більше ніж на 5 років, плату за землю не сплачують;
4) суб'єкти спеціальної економічної зони не сплачують збори до Державного інноваційного фонду.