Митний контроль за переміщенням товарів та інших предметів через межі спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" повинен забезпечувати дотримання державними органами, підприємствами, установами, організаціями та їх посадовими особами, а також громадянами порядку переміщення товарів та інших предметів відповідно до законодавства, що діє при перетинанні митного кордону України, з урахуванням норм, визначених цим Указом.
Для запобігання несанкціонованому і неконтрольованому проникненню на територію, на якій запроваджено режим спеціальної митної зони, або за її межі фізичних осіб, транспортних засобів, а також ввезенню і вивезенню товарів та інших предметів територія спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" повинна бути огороджена за периметром і облаштована відповідно до вимог Державної митної служби України.
Території зон митного контролю для спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель", їх межі та режим переміщення товарів, транспортних засобів, громадян встановлюються Державною митною службою України за поданням адміністрації спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель".
За митне оформлення товарів та інших предметів, а також перебування їх під митним контролем у спеціальній економічній зоні "Інтерпорт Ковель" справляються митні збори відповідно до законодавства України.
Організація робіт з облаштування митної інфраструктури, огородження території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" і фінансування відповідних робіт здійснюються адміністрацією спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель".
Режим спеціальної митної зони на території спеціальної економічної зони "Інтерпорт Ковель" запроваджується з дня затвердження Державною митною службою України акта приймання - передачі в експлуатацію об'єктів митної інфраструктури.