Органами управління спеціальними економічними зонами та територіями пріоритетного розвитку є:
Рада з питань спеціальних економічних зон та спеціального режиму інвестиційної діяльності, утворена Донецькою обласною радою як спеціальний уповноважений орган управління спеціальними економічними зонами та спеціальним режимом інвестиційної діяльності;
органи місцевого самоврядування та місцеві державні адміністрації у межах своїх повноважень;
органи господарського розвитку спеціальних економічних зон.