Держава відповідно до законодавства України гарантує збереження у повному обсязі всіх майнових і немайнових прав інвесторів та суб'єктів підприємницької діяльності, що діють у зоні, при її ліквідації.
Спори між органами управління спеціальними економічними зонами та територіями пріоритетного розвитку, суб'єктами підприємницької діяльності, що діють у зоні, інвесторами та ліквідаційною комісією, що можуть виникнути у зв'язку з ліквідацією зони, підлягають розгляду судами України, а спори за участю іноземного суб'єкта господарської діяльності - в судах за погодженням сторін, у тому числі за кордоном.