Органами управління спеціальними економічними зонами і територіями пріоритетного розвитку є:
Рада з питань спеціальних економічних зон та спеціального режиму інвестиційної діяльності в Донецькій області (далі - Рада);
органи місцевого самоврядування та місцеві державні адміністрації;
органи господарського розвитку спеціальних економічних зон.