Служба зовнішньої розвідки України має таку загальну структуру:
апарат управління Служби зовнішньої розвідки України;
підрозділи агентурної та технічної розвідки, оперативно-технічні, інформаційно-аналітичні, власної безпеки;
підрозділи забезпечення;
навчальні заклади та науково-дослідні установи.
Для виконання покладених на неї завдань Службою зовнішньої розвідки України можуть створюватися територіальні підрозділи в межах затвердженої загальної чисельності.
Організаційна структура Служби зовнішньої розвідки України визначається Президентом України.