Механізм управління та контролю за ходом виконання Програми
Координацію та контроль робіт, пов'язаних з виконанням Програми, здійснює Мінтранс.
Управління державною системою забезпечення безпеки покладається на центральні органи виконавчої влади, причетні до функціонування системи або її складових частин, які забезпечують безпечний стан та експлуатацію суден України, безпеку судноплавства морських та річкових суден будь-якого прапора на судноплавних водних шляхах, у портах та на терміналах, запобігання забрудненню довкілля з них.
Складовими частинами зазначеної системи є Державна морська лоцманська служба, державна установа "Держгідрографія", державні підприємства "Укрводшлях" та "Чоразморшлях", морська аварійно-рятувальна служба Мінтрансу, Державна пошуково-рятувальна служба на водних об'єктах МНС, служби і пости регулювання руху суден, центри підготовки, перепідготовки та тренажерні центри, інші підприємства, установи та організації морської галузі.
До наглядових органів системи належать Головна державна інспекція України з безпеки судноплавства, Регістр судноплавства України, Інспекція державного портового нагляду, Державна інспекція рибоохорони, Держфлотрибінспекція, Головна державна екологічна інспекція, Інспекція з питань підготовки та дипломування моряків, Інспекція Головного державного реєстратора флоту.