До повноважень центрального органу виконавчої влади з питань аграрної політики та продовольства у галузі рибного господарства належать:
визначення пріоритетних напрямів розвитку в галузі рибного господарства, узагальнення практики застосування законодавства, розроблення пропозицій щодо його вдосконалення та внесення в установленому порядку проектів законодавчих актів, актів Президента України, Кабінету Міністрів України на розгляд Президенту України та Кабінету Міністрів України;
участь у здійсненні державної політики в галузі освіти, професійної підготовки кадрів для рибного господарства;
затвердження правил пожежної безпеки на суднах флоту рибної промисловості, а також під час проведення вогневих робіт на суднах, які ремонтуються або будуються на суднобудівних та судноремонтних підприємствах;
затвердження порядку реєстрації рибальських суден;
затвердження методики розрахунку збитків, завданих рибному господарству внаслідок порушень правил рибальства та охорони водних біоресурсів;
затвердження переліку категорій посад працівників рибного господарства;
затвердження системи управління охороною праці в рибному господарстві ( z1313-12 );
затвердження спеціальних правил експлуатації та обліку, інструкції і положення про комісію з проведення технічного нагляду за суднами рибної промисловості, що не підлягають нагляду класифікаційного товариства;
затвердження типового табеля забезпечення постачання суден флоту рибної промисловості ( z1095-12 );
затвердження інструкції про порядок здійснення штучного розведення, вирощування водних біоресурсів та їх використання у спеціальних товарних рибних господарствах;
затвердження лімітів спеціального використання водних біоресурсів та квот добування;
затвердження положення про безпечне укомплектування екіпажами морських суден флоту рибної промисловості;
затвердження положення про інспекцію державного портового нагляду морських рибних портів України;
затвердження положення про капітана морського рибного порту;
затвердження правил та режимів рибальства, добування (вилучення, вилову) та відтворення водних біоресурсів;
затвердження положення про встановлення відповідності системи управління безпекою компаній та суден флоту рибної промисловості вимогам Міжнародного кодексу з управління безпечною експлуатацією суден і попередженням забруднення 1993 року ( 995_304 );
затвердження порядку нарахування та внесення платежів за спеціальне використання водних біоресурсів;
затвердження порядку носіння форменого одягу та формених знаків розрізнення працівників рибного господарства;
затвердження положення про сертифікацію персоналу суден флоту рибної промисловості;
затвердження порядку оформлення приходу з рейсу та виходу в рейс суден флоту рибної промисловості капітанами морських рибних портів України;
встановлення нормативів екологічної безпеки водних об'єктів, що використовуються для потреб рибного господарства за погодженням з центральним органом виконавчої влади з питань охорони навколишнього природного середовища ( z1369-12 );
прийняття інших нормативно-правових актів у галузі рибного господарства, у тому числі на виконання міжнародно-правових зобов'язань України, відповідно до законів України.