Право власності на водні біоресурси припиняється у разі:
порушення порядку їх спеціального використання;
порушення установленого порядку переселення, схрещування водних біоресурсів, а також виведення та використання генетично змінених їх видів;
створення власником водних біоресурсів умов, що призводять до погіршення довкілля, порушення стану екосистеми;
встановлення законодавчими актами України заборони щодо перебування у приватній власності окремих видів водних біоресурсів;
добровільної відмови власника від права власності на водні біоресурси.
Право власності суб'єктів господарювання на водні біоресурси може припинятися відповідно до рішення суду.