Ліміти встановлюються на види (групи видів) водних біоресурсів, щодо яких здійснюється промисел на відповідних водних об'єктах, крім ізольованих об'єктів (із застосуванням споруд або технічних пристроїв, штучно створених водних об'єктів, що використовуються для цілей аквакультури) та об'єктів промислу, запаси яких формуються виключно шляхом штучного розведення водних біоресурсів.
Обґрунтування допустимих обсягів спеціального використання водних біоресурсів за видами (групами видів) у водних об'єктах розробляють наукові установи та організації, що входять до сфери управління центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері рибного господарства, наукові установи, що входять до Національної академії наук України та Української академії аграрних наук, на замовлення центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері рибного господарства, суб'єктів рибного господарства.
Затвердження лімітів на спеціальне використання водних біоресурсів у зоні юрисдикції України в місячний строк з дня отримання документів здійснює центральний орган виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері рибного господарства та рибної промисловості, на підставі поданого науковими організаціями та установами науково-біологічного обґрунтування.
Порядок ( 1149-2012-п ) установлення лімітів на спеціальне використання водних біоресурсів загальнодержавного значення в межах юрисдикції України та водних біоресурсів у відкритому морі, територіальному морі та виключних (морських) економічних зонах іноземних держав визначає Кабінет Міністрів України, у тому числі - відповідно до міжнародних договорів України.