Контролюючим органом УкрЕА є контрольно-ревізійна комісія, яка обирається з'їздом УкрЕА і йому підзвітна. Вона контролює фінансову, господарську та іншу діяльність УкрЕА, стан та облік матеріальних цінностей, перевіряє правильність виконання постанов з'їзду та ради, стан діловодства в організаціях УкрЕА.