Найвищим органом Українського фізичного товариства є з'їзд. На з'їзді таємним голосуванням на альтернативній основі обираються президент, віце-президенти, виконавчий орган - Координаційна рада УФТ, контрольний орган - Ревізійна комісія УФТ, затверджується голова Бюро Координаційної ради.