Після зарахування до закладу особи для підготовки в проектній аспірантурі відповідним наказом керівника цього закладу призначається науковий керівник, який є керівником PhD-проекту. У разі потреби за рішенням вченої ради закладу здобувачу призначається другий науковий керівник, зокрема представник іноземного закладу вищої освіти або наукової установи.