До складу комісії включаються посадові особи митних органів, які успішно пройшли тестування на благонадійність.
До складу комісії входять голова, заступник голови, секретар та інші члени комісії.
У разі відсутності голови його обов’язки виконує заступник голови комісії.
Секретар комісії веде та оформляє протоколи засідань комісії, забезпечує інформування членів комісії щодо організаційних питань її діяльності, за дорученням голови комісії виконує іншу організаційну роботу.
У разі відсутності секретаря його обов’язки за дорученням голови комісії виконує інший член комісії.
Рішення комісії вважаються схваленими, якщо за них проголосувало більш як половина присутніх на засіданні членів комісії.
У разі рівного розподілу голосів вирішальним є голос головуючого на засіданні.
На засіданнях комісії можуть бути присутні представники міжнародних організацій, проектів міжнародної технічної допомоги, які реалізують проекти щодо переходу Держмитслужби до роботи у форматі єдиної юридичної особи, оцінки доброчесності та благонадійності, та дипломатичних місій.