МОН здійснює контроль виконання умов договору про надання фінансової підтримки відповідно до показників ефективності діяльності центрів, основними з яких є:
кількість завершених науково-технічних (експериментальних) розробок;
кількість отриманих охоронних документів на об’єкти права інтелектуальної власності;
кількість впроваджених науково-технічних (прикладних) результатів та інновацій у реальний сектор економіки;
кількість укладених договорів (меморандумів) про співпрацю з підприємствами, організаціями оборонно-промислового комплексу;
кількість наукових, науково-технічних та інноваційних проектів (робіт), реалізованих у партнерстві з бізнесом або державними замовниками;
кількість впроваджених науково-технічних (прикладних) результатів для потреб національної безпеки і оборони;
кількість створених та/або розбудованих об’єктів інноваційної інфраструктури;
кількість проведених випробувань (тестувань) науково-технічних (експериментальних) розробок;
кількість студентів, аспірантів і молодих вчених, залучених до виконання наукових, науково-технічних та інноваційних проектів;
кількість наукових, науково-технічних (прикладних) результатів, отриманих за участю студентів, аспірантів і молодих вчених;
кількість створених стартапів на базі центру чи за участю його резидентів;
обсяг залученого фінансування на проведення прикладних наукових досліджень та науково-технічних (експериментальних) розробок та/або стартапами;
кількість дослідних зразків і дослідних партій продуктів з мінімальними, але достатніми показниками, функціями, характеристиками для проведення випробувань, тестування, вдосконалення та подальшого масштабування, розроблених під час роботи центру;
кількість наукових, популяризаційних, презентаційних заходів, організованих центром;
кількість прогнозно-аналітичних звітів щодо вивчення перспектив розвитку інновацій за пріоритетними галузями, підготовлених центром.
Зазначені показники беруться МОН за основу під час підготовки інформації та звіту про реалізацію експериментального проекту.