Організаційне забезпечення проведення конкурсу здійснюють МОН та Фонд розвитку інновацій.
Функціями МОН є:
забезпечення підготовки та проведення конкурсу;
забезпечення формування міжвідомчої ради та комісій;
забезпечення реєстрації заявок, здійснення попереднього розгляду за формальними ознаками, подання їх на розгляд комісіям та міжвідомчої ради;
формування рейтингового списку за результатами наукової і науково-технічної експертизи заявок, проведеної комісіями, та подання його на розгляд міжвідомчої ради;
проведення моніторингу виконання експериментального проекту, підготовка інформації та звіту про його реалізацію.
Функціями Фонду розвитку інновацій є:
участь у підготовці тематик за кожною пріоритетною галуззю, форм заявок та критеріїв відбору для проведення наукової і науково-технічної експертизи;
подання пропозицій щодо формування комісій за відповідними пріоритетними галузями для забезпечення проведення наукової і науково-технічної експертизи заявок;
забезпечення участі у проведенні засідань комісій;
координація взаємодії з міжвідомчою радою та комісіями в рамках підготовки конкурсу.