Конкурс проводиться за такими етапами:
вивчення потреб ініціаторів, підготовка та збір технічних завдань від ініціаторів;
здійснення Радою МОН з розвитку інновацій (далі — Рада) відбору технічних завдань ініціаторів з урахуванням пріоритетних напрямів конкурсу, потреб ініціатора та потенціалу до комерціалізації та/або практичного впровадження результатів спільних прикладних наукових досліджень, науково-технічних (експериментальних) розробок;
публікація оголошення про проведення конкурсу;
приймання (одержання) документів та реєстрація заявок, поданих учасниками конкурсу;
попередній розгляд поданих учасниками конкурсу заявок та доданих до них документів на відповідність вимогам, встановленим умовами конкурсу;
проведення наукової і науково-технічної експертизи заявок;
формування Радою з урахуванням результатів наукової і науково-технічної експертизи заявок пропозицій щодо переліку спільних прикладних наукових досліджень і науково-технічних (експериментальних) розробок, які пропонуються для надання фінансової підтримки (перелік переможців конкурсу) із зазначенням орієнтовного обсягу фінансування кожного дослідження, розробки в розрізі років виконання;
прийняття організатором конкурсу рішення про затвердження результатів конкурсу;
оприлюднення результатів конкурсу.
Організатор конкурсу може приймати рішення про одночасне проведення окремих етапів конкурсу для різних видів заявок. Оголошення конкурсу та приймання спільних заявок може здійснюватися одночасно з вивченням потреб ініціаторів, підготовкою, збором технічних завдань від ініціаторів та відбором Радою технічних завдань ініціаторів для подальшого оголошення приймання заявок на запити ініціаторів.
Учасники конкурсу та умови участі