Основними принципами системи управління платника податків є:
інтегроване управління податковим ризиком - принцип управління податковими ризиками, який передбачає експериментальну інтеграцію підходів з його управління в діяльність структурних підрозділів;
структурування та комплексне управління податковим ризиком - принцип управління податковими ризиками, який передбачає систематичне та комплексне дослідження всіх аспектів діяльності платника податків із виконання податкових обов’язків;
адаптоване управління податковим ризиком - принцип управління податковими ризиками, який передбачає постійне пристосування та оптимізацію процесів управління ризиками відповідно до змін у зовнішньому та внутрішньому середовищі;
інклюзивне (всебічне) управління податковим ризиком - принцип управління податковими ризиками, який передбачає всебічне та своєчасне залучення заінтересованих сторін до реалізації експериментального проекту, що сприяє підвищенню рівня обізнаності та обґрунтованості управління податковими ризиками;
динамічне управління податковим ризиком - принцип управління податковими ризиками, який дає змогу вчасно передбачати та відповідно реагувати на зміни і події внутрішнього та зовнішнього середовища, що мають вплив на виникнення, зміну або зникнення податкових ризиків під час реалізації експериментального проекту;
постійне поліпшення керування податковим ризиком - постійне вдосконалення шляхом навчання та накопичення досвіду під час реалізації експериментального проекту.