Система управління охоплює автоматизовані, неавтоматизовані та комбіновані процеси.
Автоматизовані процеси передбачають використання розроблених автоматизованих алгоритмів ідентифікації, оцінки податкових ризиків та способів реагування на них на основі податкової інформації, що міститься і зберігається в інформаційно-комунікаційній системі ДПС.
Застосування автоматизованих процесів дає змогу уніфікувати організаційно-методологічні засади роботи ДПС із платниками податків, мінімізувати вплив людського фактора під час управління податковими ризиками тощо.
З метою автоматизації процесів управління податковими ризиками в ДПС заплановано розроблення та впровадження автоматизованої системи управління.
Запровадження автоматизованої системи управління дасть можливість проводити ідентифікацію, аналіз, оцінювання податкових ризиків через автоматизацію математичних і логічних процесів (алгоритму, розрахунку тощо) відповідно до визначених сценаріїв.
Неавтоматизовані процеси передбачають виявлення податкових ризиків на підставі податкової інформації, відібраної з інформаційно-комунікаційної системи ДПС за разовими тематичними алгоритмами, та інформації, отриманої із зовнішніх джерел від інших центральних органів виконавчої влади та правоохоронних органів.
Комбіновані процеси передбачають поєднання автоматизованих і неавтоматизованих процесів обробки інформації про платників податків та їх податкові ризики.