На оперативному рівні управління податковими ризиками здійснюють структурні підрозділи та територіальні органи ДПС.
Структурні підрозділи в межах функціональних повноважень:
здійснюють проактивні заходи реагування за наявності підстав, у межах та спосіб, що визначені Кодексом та іншими актами законодавства, на ідентифіковані та оцінені податкові ризики відповідно до погоджених загального плану, операційного плану, сегментарних та секторальних планів (з урахуванням отриманих інформаційно-аналітичних матеріалів), переліку платників податків, які мають найвищі податкові ризики;
організовують виконання територіальними органами ДПС і взаємодіють із структурними підрозділами - співвиконавцями погоджених загального плану, операційного плану, сегментарних та секторальних планів (з урахуванням отриманих інформаційно-аналітичних матеріалів) щодо опрацювання переліку платників податків, які мають найвищі податкові ризики, зокрема шляхом:
здійснення постійної взаємодії та обміну інформацією з територіальними органами ДПС;
утворення робочих груп із залученням працівників/фахівців відповідного структурного підрозділу та територіальних органів ДПС;
проведення нарад, зокрема у формі відеоконференцій, із працівниками/фахівцями структурних підрозділів та територіальних органів ДПС.
Територіальні органи ДПС:
беруть участь у процесі ідентифікації податкових ризиків у спосіб (зокрема періодичність, строки, форми), визначений структурними підрозділами у межах функціональних повноважень;
надають структурним підрозділам відповідно до функціональних повноважень пропозиції щодо ідентифікації податкових ризиків, до паспортів податкових ризиків та змін до них;
на підставі інформації, отриманої від структурних підрозділів, здійснюють проактивні та реактивні заходи впливу (способи реагування) за наявності підстав, у межах та спосіб, що визначені Кодексом та іншими актами законодавства, на ідентифіковані та оцінені податкові ризики відповідно до погоджених загального плану, операційного плану, сегментарних та секторальних планів (з урахуванням отриманих інформаційно-аналітичних матеріалів), переліку платників податків, які мають найвищі податкові ризики;
за результатами опрацювання погоджених загального плану, операційного плану, сегментарних та секторальних планів з урахуванням отриманих інформаційно-аналітичних матеріалів, переліку платників податків, які мають найвищі податкові ризики, звітують перед структурними підрозділами у межах функціональних повноважень.