Залежно від типу джерела питного водопостачання (поверхневе, підземне), ступеня його захищеності і ризику біологічного, хімічного та радіаційного забруднення, особливостей санітарних, гідрогеологічних і гідрологічних умов, а також характеру забруднюючих речовин встановлюються зони санітарної охорони та окремі пояси особливого режиму цих зон.
Встановлення меж зон санітарної охорони джерел та об'єктів централізованого питного водопостачання здійснюється у процесі розроблення проекту землеустрою.
Межі зон санітарної охорони та поясів особливого режиму встановлюються органами місцевого самоврядування за погодженням з місцевими органами виконавчої влади з водного господарства та органами державного санітарно-епідеміологічного нагляду.
Вплив потенційних джерел - забруднювачів підземних вод, що розташовані в межах другого та третього поясів зони санітарної охорони і які з технічних причин не можуть бути винесені за межі цих зон (нафтопроводи, продуктопроводи, поля фільтрації, скотомогильники тощо), визначається по кожному такому об'єкту окремо на підставі результатів вивчення міграції забруднюючих речовин у навколишньому природному середовищі. При значному техногенному навантаженні в межах другого та третього поясів зони санітарної охорони з метою контролю за експлуатацією джерел питного водопостачання та прийняттям водогосподарських рішень здійснюються постійні моніторингові дослідження.
У разі розташування зони санітарної охорони на територіях двох і більше областей її межі встановлюються Кабінетом Міністрів України за поданням центрального органу виконавчої влади з питань житлово-комунального господарства та за погодженням із центральними органами виконавчої влади із забезпечення санітарного та епідемічного благополуччя, водного господарства, земельних ресурсів та відповідними органами місцевого самоврядування.