На території ботанічних садів забороняється будь-яка діяльність, що не пов'язана з виконанням покладених на них завдань і загрожує збереженню колекцій флори.
У межах ботанічних садів для забезпечення необхідного режиму охорони та ефективного використання можуть бути виділені зони:
експозиційна - її відвідування дозволяється в порядку, що встановлюється адміністрацією ботанічного саду;
наукова - до складу зони входять колекції, експериментальні ділянки тощо, на відвідування її мають право лише співробітники ботанічного саду у зв'язку з виконанням ними службових обов'язків, а також спеціалісти інших установ з дозволу адміністрації саду;
заповідна - відвідування її забороняється, крім випадків, коли воно пов'язано з проведенням наукових спостережень;
адміністративно-господарська.
Зонування території ботанічних садів проводиться відповідно до Положення про ботанічний сад та Проекту організації території ботанічного саду, що розробляється спеціалізованими науковими та проектними установами і затверджується органом, у підпорядкуванні якого перебуває ботанічний сад, за погодженням з:
Міністерством охорони навколишнього природного середовища України - щодо ботанічних садів загальнодержавного значення;
органами Міністерства охорони навколишнього природного середовища України на місцях - щодо ботанічних садів місцевого значення.