Уповноваженими органами державного управління в галузі організації, охорони та використання природно-заповідного фонду є центральний орган виконавчої влади, що забезпечує формування і реалізує державну політику у сфері охорони навколишнього природного середовища, орган виконавчої влади Автономної Республіки Крим з питань охорони навколишнього природного середовища, обласні, Київська та Севастопольська міські державні адміністрації.
Для забезпечення державного управління територіями та об’єктами природно-заповідного фонду можуть утворюватися спеціальні підрозділи центрального органу виконавчої влади, що забезпечує формування і реалізує державну політику у сфері охорони навколишнього природного середовища, обласних, Київської та Севастопольської міських державних адміністрацій.