На виконання рішення Кабінету Міністрів України про проведення комплексної перевірки усі визначені в ньому органи виконавчої влади, крім ДПС, подають головуючому органу пропозиції стосовно персонального складу комісії.
На основі поданих пропозицій головуючий орган своїм наказом затверджує та доводить до відома відповідних органів виконавчої влади:
персональний склад комісії;
строк проведення комплексної перевірки (дата її початку та дата завершення);
орієнтовний план проведення комплексної перевірки, крім плану документальної позапланової перевірки угоди як платника податків;
перелік питань для проведення комплексної перевірки, сформований на підставі примірного переліку, наведеного у додатку 2.
За пропозицією органів виконавчої влади до складу комісії можуть бути внесені зміни.