За рішенням Міністра до Переліків та Кошторисів протягом року можуть уноситися зміни. З Переліків вилучаються природоохоронні заходи за умови, якщо:
договори на виконання природоохоронних заходів не укладені протягом трьох місяців після погодження Переліку Кабінетом Міністрів України та Кошторису Міністерством фінансів України;
договори на виконання природоохоронних заходів розірвано;
надійшли звернення від подавачів запитів (визначених у пункті 2.4, 2.6-2.8 Порядку) щодо неможливості їх виконання;
не виконуються договірні умови.
Указані зміни затверджуються та погоджуються відповідно до пункту 3.9 Порядку.