Для оперативного управління діяльністю Фонду створюється виконавча дирекція. Її очолює виконавчий директор, який за посадою є заступником голови правління Фонду.
Повноваження виконавчого директора, штатна чисельність, структура, обсяг витрат на утримання виконавчої дирекції та умови оплати праці її працівників та позаштатних експертів визначаються правлінням Фонду за поданням його голови.