Вищою посадовою особою НУФ є виконавчий директор НУФ, який забезпечує вирішення всіх питань поточної діяльності НУФ, представляє НУФ у взаємовідносинах з вітчизняними та іноземними державними і недержавними установами та організаціями з питань організації виконання конкретних програм і проектів, щорічно звітує перед наглядовою радою, підписує угоду з організацією, що має провадити поточну діяльність з питань управління коштами НУФ, виконує інші повноваження, делеговані йому наглядовою радою. Виконавчий директор виконує свої функції на безоплатній основі.