Науково-дослідна організація, яка працює за самостійними темами, після отримання дозволу подає заявку і узгоджує з ПЗУ програму сезонних досліджень, склад виконавців, а в разі відчуження природних ресурсів у наукових цілях - і методику досліджень. Дирекції цих установ входять з клопотанням про затвердження лімітів у наукових цілях до Мінекобезпеки України.