У рамках пріоритетних напрямів наукові відділи розробляють довгострокові теми та програми, які погоджуються науковими кураторами ПЗУ і затверджуються НАНУ та Мінекобезпеки України. Мінекобезпеки України може доручити затвердження наукових тем Головному управлінню. Для тих ПЗУ, котрі не відносяться до НАНУ та Мінекобезпеки України, теми і програми також затверджуються відомством, якому вони підпорядковані. Наукова тема може бути також частиною регіональних або загальнодержавних екологічних наукових програм.