МНС України очолює Міністр, якого в установленому порядку призначає на посаду і звільняє з посади Президент України.
Міністр має першого заступника і заступників, які призначаються на посади та звільняються з посад відповідно до законодавства.
Міністр:
1) керує Міністерством, несе персональну відповідальність перед Президентом України і Кабінетом Міністрів України за виконання покладених на МНС України завдань, функцій і повноважень;
2) забезпечує реалізацію державної політики у визначеній сфері діяльності, спрямовує і координує здійснення центральними органами виконавчої влади заходів з питань, віднесених до його відання;
3) приймає рішення щодо розподілу бюджетних коштів, головним розпорядником яких є МНС України;
4) подає в установленому порядку на розгляд Кабінету Міністрів України проекти законів України, актів Президента України та Кабінету Міністрів України, розробником яких є МНС України;
5) подає в установленому порядку Прем'єр-міністрові України пропозиції щодо призначення на посади першого заступника та заступників Міністра;
6) розподіляє обов'язки між першим заступником і заступниками Міністра, а також керівниками підрозділів Міністерства, визначає ступінь їх відповідальності;
7) призначає на посади та звільняє з посад працівників центрального апарату Міністерства, присвоює у встановленому порядку ранги державним службовцям, затверджує положення про структурні підрозділи центрального апарату МНС України;
8) подає Кабінету Міністрів України пропозиції щодо утворення, реорганізації та ліквідації у складі МНС України урядових органів державного управління;
9) вносить Кабінету Міністрів України подання про призначення на посади і звільнення з посад керівників урядових органів державного управління, утворених у складі МНС України;
10) за поданням керівників урядових органів державного управління, утворених у складі Міністерства, затверджує граничну чисельність їх працівників, погоджує структуру, штатний розпис та кошторис видатків цих органів;
11) приймає рішення щодо утворення, реорганізації і ліквідації територіальних органів, спеціальних підрозділів та формувань цивільного захисту, підприємств, установ та організацій, що належать до сфери управління МНС України, затверджує положення (статути) про них, у встановленому законодавством порядку призначає на посади та звільняє з посад їх керівників;
12) затверджує відповідно до законодавства перелік посад, що підлягають заміщенню особами рядового і начальницького складу органів і підрозділів цивільного захисту, та номенклатуру посад для їх призначення;
13) визначає порядок добору, вивчення та призначення осіб, які приймаються на службу на посади рядового і начальницького складу органів і підрозділів цивільного захисту, їх переміщення по службі та звільнення, проведення в установленому порядку їх атестування, а також визначає порядок формування і підготовки кадрового резерву;
14) присвоює в установленому порядку спеціальні звання особам рядового і начальницького складу органів і підрозділів цивільного захисту, заохочує, притягає їх до дисциплінарної відповідальності, вносить подання про присвоєння спеціальних звань особам вищого начальницького складу;
15) визначає порядок і строки підвищення кваліфікації та перепідготовки осіб рядового і начальницького складу органів і підрозділів цивільного захисту та працівників МНС України;
16) вирішує інші питання щодо проходження служби особами рядового і начальницького складу органів і підрозділів цивільного захисту;
17) здійснює інші функції та повноваження відповідно до законодавства.