МНС України здійснює свої функції та повноваження відповідно до законодавства безпосередньо та через урядові органи державного управління, утворені у складі Міністерства, територіальні органи, підрозділи та спеціальні формування, навчальні заклади, а також підприємства, установи та організації, що належать до сфери його управління.