Керівництво дисциплінарним батальйоном здійснює командуючий військами військового округу (оперативного командування), який забезпечує добір і розстановку кадрів офіцерського складу, контролює режим та умови тримання, охоплення постійною роботою, організацію праці, бойову підготовку та виховання засуджених.