Орган державного фінансового контролю координує свою діяльність з органами місцевого самоврядування та органами виконавчої влади, фінансовими органами, центральним органом виконавчої влади, що реалізує державну податкову політику, центральним органом виконавчої влади, що реалізує державну митну політику, іншими контролюючими органами, органами прокуратури, Національної поліції України, Служби безпеки України, Бюро економічної безпеки України.
Орган державного фінансового контролю зобов’язаний надавати Бюро економічної безпеки України відомості про обставини, що можуть свідчити про вчинення кримінального правопорушення.