Головне контрольно-ревізійне управління України очолює заступник Міністра фінансів України, начальник управління, який призначається Кабінетом Міністрів України за поданням Міністра фінансів України.
Контрольно-ревізійні управління в Республіці Крим, областях, містах Києві і Севастополі очолюють начальники, які призначаються начальником Головного контрольно-ревізійного управління України за погодженням з Радою Міністрів Республіки Крим, обласними, Київською та Севастопольською міськими державними адміністраціями.
Начальники контрольно-ревізійних управлінь в Республіці Крим, областях, містах Києві і Севастополі призначають і звільняють керівників контрольно-ревізійних підрозділів (відділів, груп) в районах, містах і районах у містах.