При визначенні виду матеріалу для дослідження в кожному конкретному випадку враховують стадію захворювання, стан хворого та наявні можливості лабораторної бази. Матеріалом для детекції вірусів Ебола є кров, слина, мазок з ротоглотки, сеча, грудне молоко. Проте найбільш інформативним та надійним матеріалом для діагностики є кров та її похідні (цільна кров (з ЕДТА), сироватка, плазма). При неможливості відбору зразків крові можуть використовуватись інші зразки.