У своїй діяльності Міжконфесійна рада співпрацює зі структурним підрозділом апарату МВС, що здійснює координацію питань військового капеланства.
Положення про Міжконфесійну раду з питань військового капеланства при Міністерстві внутрішніх справ України → VI. Взаємодія Міжконфесійної ради з МВС
У своїй діяльності Міжконфесійна рада співпрацює зі структурним підрозділом апарату МВС, що здійснює координацію питань військового капеланства.