Міжконфесійна рада приймає рішення, які мають рекомендаційний характер. Рішення Міжконфесійної ради подаються на розгляд Міністру внутрішніх справ України, командувачу Національної гвардії України, Голові Державної прикордонної служби України та уповноваженим релігійних організацій.