Основною формою роботи Міжконфесійної ради є її засідання та засідання утворених Міжконфесійною радою робочих і експертних груп, які проводяться за потреби, але не рідше одного разу на квартал. З урахуванням обстановки в Україні та регіонах засідання можуть проводитися в режимі відеоконференції (дистанційні засідання) з використанням власних технічних засобів за умови забезпечення належної ідентифікації учасників засідання та фіксації результатів голосування з кожного питання.