Після отримання інформації про осіб, уповноважених кожною релігійною організацією, священнослужителі яких обіймають посади військових капеланів у НГУ та Держприкордонслужбі, структурний підрозділ апарату МВС, що здійснює координацію питань військового капеланства, організовує проведення установчого засідання. На установчому засіданні члени Міжконфесійної ради шляхом прямого відкритого голосування обирають зі свого складу голову, його заступника та секретаря.