Для забезпечення виконання своїх завдань Міжконфесійна рада має право:
1) вносити керівництву МВС пропозиції щодо організації консультацій із питань військового капеланства;
2) розглядати питання міжконфесійних спорів, уживати вичерпних заходів для досягнення міжконфесійної злагоди, усунення причин та передумов, що призвели до виникнення міжконфесійних непорозумінь, надавати необхідні рекомендації;
3) надавати Службам військового капеланства пропозиції щодо використання духовних і навчальних центрів НГУ та Держприкордонслужби з метою проведення заходів духовно-релігійного забезпечення військовослужбовців, працівників і членів їхніх сімей, підвищення професійного рівня військових капеланів;
4) одержувати в установленому порядку від НГУ та Держприкордонслужби інформацію з питань, які виносяться на розгляд Міжконфесійної ради (крім інформації з обмеженим доступом);
5) залучати релігієзнавців, правників, богословів, експертів, інших фахівців до роботи (на громадських засадах) з питань, що виносяться на розгляд Міжконфесійної ради;
6) використовувати для підготовки засідань з питань, що виносяться на розгляд Міжконфесійної ради, теоретичні розробки релігійних, громадських чи державних інституцій, інші матеріали інформаційного, консультативного чи рекомендаційного характеру;
7) відвідувати за погодженням із керівництвом НГУ та Держприкордонслужби в установленому законодавством порядку військові частини НГУ та Держприкордонслужби.